Les différents diagnostics réalisés mettent en évidence plusieurs enjeux sur le bassin versant, dont certains sont liés, tout ou partie, aux pratiques agricoles :
- Un phénomène marqué d’eutrophisation dont le facteur principal est le phosphore d’origine diffuse, c’est-à-dire issu de multiples sources de pollution notamment de la fertilisation.
- Des problématiques de concentration en pesticides (désherbants des cultures de maïs et de colza majoritairement)
- Les conséquences de la modification du tracé des cours d’eau visant à accélérer et évacuer les eaux vers l’aval. Ces politiques ont permis le développement d’une agriculture locale, mais en parallèle conduisent à une perte des zones humides, indispensables au fonctionnement des cours d’eau et à l’aggravation des phénomènes d’entrainement de polluants.